显微镜室是主要承担园艺、设施农业科学与工程本科专业与显微镜有关的教学实验课、本科专业毕业论文及大学生创新能力培养等实践教学任务。

实验室主要开设遗传学、园艺植物育种学、园艺植物良种繁育学、种子学、园艺植物显微技术等课程的实验教学。主要内容包括细胞学观察、遗传规律验证、核型分析、石蜡切片、显微摄影、花芽分化观察、花粉生活力鉴定、多倍体诱导与检测、种子生活力检测、种子形态与构造观察等内容。毕业论文及创新能力培养包括染色体工程、种质创新与评价、胚胎学、解剖学、授粉受精生物学等内容。

主要仪器设备包括冰箱、鼓风干燥箱、显微镜等。